Avant de procéder au nettoyage en place (NEP), il est nécessaire de préparer et de stocker l'eau qui sera utilisée. Avant d'être stockée, cette eau subit des processus de filtration et de distillation pour assurer sa pureté. Elle doit ensuite être conservée dans un environnement stérile, généralement dans une cuve de stockage dédiée. Des instruments de mesure de niveau aseptiques garantissent l’absence de risque de contamination tout en assurant une protection contre le débordement et le pompage à sec.