Antes de ejecutar los procesos CIP, el agua que se va a utilizar debe prepararse y almacenarse. Esta agua se somete a procesos de filtración y destilación antes de su almacenamiento y debe conservarse en un entorno estéril dentro del tanque de almacenamiento. Los instrumentos higiénicos de medición de nivel se asegurarán de que no haya ningún riesgo de contaminación, además de proporcionar protección contra el sobrellenado y las bomba secas.